咽炎的发病原因有多种，主要有以下几种情况：
1、慢性感染性因素
许多慢性疾病可使急性咽炎久治不愈，并逐渐转为慢性，包括贫血、消化不良、心血管疾病、内分泌紊乱、自主神经失调、维生素缺乏以及免疫功能低下等疾病。
病毒性咽炎通常自限在一周左右，而细菌可长期寄生在咽后壁黏膜，各菌群处于动态平衡。当菌群紊乱时，可引起咽后壁黏膜持久、轻重不一的炎性反应。
2、胃食管反流
胃食管内食物向上反流至咽喉部后，对黏膜造成物理性和化学性刺激可引起咽部异物感、恶心干呕等一系列慢性咽炎症状。
胃食管反流患者除了表现为慢性咳嗽和频繁清嗓等，常伴有烧心、泛酸等典型的胃食管反流症状。这种情况需要到消化内科就诊。
3、鼻源性咽炎
由鼻腔、鼻窦炎症和鼻咽部炎症产生的分泌物，可引起鼻后滴漏综合征，分泌物对咽后壁黏膜的刺激可导致慢性咽炎。
对于确诊为鼻源性慢性咽炎的患者，针对鼻腔、鼻窦原发灶采用恰当的治疗，减少鼻后滴漏，可减轻咽炎症状。
4、鼾症
阻塞性睡眠呼吸暂停综合征（鼾症）与慢性咽炎发病有关。鼾症患者多伴有咽部黏膜水肿、干燥和咽壁淋巴滤泡增生。另外，睡眠时由于气道反复发生阻塞，造成胸腔高负压，引起胃食管反流也是其发病机制之一。
5、过敏性疾病
部分慢性咽炎与过敏反应有关，患者症状有咽部异物感、咽喉发痒、咽部肿胀感和干咳等。此类患者经抗过敏治疗，症状可逐渐减轻，但停药后症状易复发。
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