展开沙丘故事的主要冲突在于三大贵族之间的政治斗争：帝国克力诺家族，以及两个从属的大家族阿崔迪和哈科南。

　　阿崔迪家族被皇帝赋予管理禁忌的沙漠行星阿拉基斯（Arrakis，也称“沙丘”）的权利，那是几近无价的香料美兰极（melange）的唯一产地。这种香料在强大的空间航行公会的运作中起至关重要的作用（该公会垄断了星系间航行的管理），它也对Bene Gesserit姐妹会起着关键的作用（致命杀手和危险的智囊组成的一个秘密女性组织，她们执行着一个几个世纪之久的配种计划，试图产生一个男性人类，称为Kwisatz Haderach，他将拥有预知的能力，并且能够获取他所有的祖先记忆）。将政治阴谋复杂化的事实是，保罗·阿崔迪，公爵之子，和Feyd-Rautha 哈科南，男爵的继承人，是Bene Gesserit的配种计划的关键人物—Bene Gesserit原来计划将一个阿崔迪家族的女儿嫁给一个哈科南家族的儿子以联合两种血统，但是被洁西卡·阿崔迪所避免，她违背了姐妹会的计划为她的公爵怀上了一个儿子而不是女儿。

　　克力诺皇帝沙丹四世视阿崔迪为其王位的威胁，因为李特·阿崔迪公爵的领袖魅力和在立法议会（Landsradd）帝国贵族中的受欢迎度相当高；同时也因为公爵和他的得力助手邓肯·埃达荷，格尼·哈莱克（Gurney Halleck）以及思想者（mentat）-刺客Thufir Hawat成功的训练了一个和恐怖的帝国沙督卡部队能力相当的部队，虽然在数量上要少一些。

　　皇帝决定消灭阿崔迪家族，但是他不能冒险公开单独攻击某个家族，因为会导致很多家族联合对抗他。因此，他转而利用阿崔迪家族和哈科南家族之间长达几个世纪的世仇作为他的攻击的伪装，给了狡诈和渴望权利的男爵弗拉得米尔·哈科南一个消灭他最痛恨的对手的机会。

　　阿拉基斯控制权的替换创造了哈科南和阿崔迪冲突的前提，并将李特公爵从他的家乡和基地Caladan转移到阿拉基斯。虽然他们预料到了有陷阱，阿崔迪家族未能抵挡破坏力巨大的哈科南家族的攻势，帝国沙督卡部队装扮成哈科南部队给予帮助，并且哈科南还获得了阿崔迪家族内部的一个叛徒的协助。李特公爵被暗杀，但是保罗和洁西卡逃入沙漠深处。在洁西卡的Bene Gesserit能力和保罗不断增长的技能的帮助下，他们加入了一帮当地弗力曼人，他们是崇拜并骑乘沙虫的支配该行星的强悍的战士。保罗作为Kwisatz Haderach出现，而洁西卡关于Bene Gesserit的Missionaria Protectiva传教团在弗力曼人中所散布的秘密神话故事使得保罗成为Muad‘Dib，将几百万弗力曼人统一成为不可抵挡的军事力量的政教合一的领袖（Mahdi，来源于阿拉伯人某个领袖及先知的名字）。

　　保罗攫取了阿拉基斯和香料的控制权，在帝国皇帝面前和Feyd-Rautha 哈科南单挑为其家族复仇，并迫使沙丹退位并将保罗加冕为阿崔迪王朝的首位皇帝。