不宜生吃。尤其是脾胃虚寒及月经期间的妇女。番茄含有大量可溶性收敛剂等成分，与胃酸发生反应，凝结成不溶解的块状物，容易引起胃肠胀满、疼痛等不适症状。如果只把番茄当成水果吃补充维生素C，或盛夏清暑热，则以生吃为佳。
不宜空腹吃。空腹时胃酸分泌量增多，因番茄所含的某种化学物质与胃酸结合易形成不溶于水的块状物，食之往往引起腹痛，造成胃不适、胃胀痛。
不宜长时高温加热。因番茄红素遇光、热和氧气容易分解，失去保健作用。因此，烹调时应避免长时间高温加热。
不宜吃未成熟的青色番茄。因含有毒的龙葵碱。食用未成熟的青色番茄，会感到苦涩，多吃了，严重的可导致中毒，出现头晕、恶心、周身不适、呕吐及全身疲乏等症状，严重的还会发生生命危险。
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