一、离轨阶段
飞船需要调整姿态，在准确的时间将发动机点火，与轨道舱、推进舱依次分离，进入精准的返回轨道。如果进入的轨道角度过陡，会导致返回舱快速进入稠密大气发生剧烈摩擦而焚毁；如果进入的轨道角度过于平缓，返回舱会像打水漂一样被上层大气弹起，很可能再也无法返回地球。
另外，如果推进舱无法与返回舱分离，再入时将使返回舱脆弱的“小头”冲下，飞船很可能在再入阶段从舱门被烧穿。史上第一艘载人飞船“东方1号”返回时就遭遇过仪器舱与乘员舱难以分离的情形，1969年发射的苏联“联盟5号”飞船更是在再入阶段经历过这样的危险时刻，幸好在关键时刻推进舱与返回舱的连接机构被烧断，飞船重新掉转为“大头”冲下，避免了一场船毁人亡的灾难。
二、再入阶段
这个是最危险也最令人揪心的阶段，飞船要依靠各种精心设计的防热技术来抵御与大气剧烈摩擦产生的高温，只要防热设计上出现一处缺陷就可能导致宇航员被活活烧死。苏联“联盟”号飞船的试验飞行中就曾发现过飞船从防热大底的插座部分被烧穿的情形。
中国第一位航天员杨利伟在他的自传《天地九重》中提及再入阶段亲眼目睹飞船窗户“被烧裂”，后来发现被烧裂的并非窗玻璃本身，而是窗玻璃外层涂覆的烧蚀材料，这是一种正常的现象。不过在作出正确的判断之前，杨利伟说自己“非常紧张”，“我的汗出来了”，“说不恐惧那是假话”。
三、伞降阶段
飞船通过热障区以后首先打开引导伞，引导伞拉出减速伞，再由减速伞拉出主伞。减速伞和主伞都带有收口线设计，打开时先张开一个小口，随后切断收口线，伞衣才完全张开，这样可以减少开伞时的骤然减速对宇航员造成的不适，更可以避免伞衣撕裂。如果主伞因故无法开启，还有备份伞作为救命稻草。开启主伞后飞船下落速度降至每秒8-10米。伞降时飞船是被一根伞绳从侧面斜拉摇晃着的，临近着陆时飞船才会被拉正。“神舟”飞船的主伞经常会出现局部破损，破损情况越严重，落地时的冲击力也就越大。
1967年4月24日，苏联的“联盟1号”飞船载着宇航员科马洛夫上天，后因飞船太阳能帆板无法打开导致电力不足，预定与“联盟2号”对接的计划无法完成，“联盟2号”的发射计划被取消，“联盟1号”也被要求紧急返回。飞船返回时导航系统出现问题，都被科马洛夫用手动方式一一克服。就在所有人都以为他将平安归来的时候，飞船开伞发生故障，引导伞未能拉出主伞，备份伞又因为主伞的阻碍无法打开。科马洛夫在飞船与地面的撞击中遇难。
四、着陆阶段
着陆前飞船会抛掉防热大底，着陆前一秒飞船会打开位于底座上的反推发动机，将速度从每秒8-10米减至每秒2米。如果反推发动机未能启动，宇航员可能遭遇脊柱损伤，甚至可能造成高位截瘫。不过，飞船上的航天员座椅也有缓冲能力，并且与反推发动机互为备份，两个系统只要有一个工作就可以保证航天员的安全。
五、着陆以后
如果飞船降落在偏离预定回收区之外的不明地点，宇航员还要在救援到来之前面对陌生环境（可能是海洋、湖面、沼泽、森林、沙漠、高山、敌对或战乱国家），使用不同手段进行自救和自卫。历史上苏联宇航员在返回后多次发生降落在预定地区之外的荒郊野地的情况，有时（如历史上第一次进行太空行走的“上升2号”飞船）甚至需要在雪地里等上一天一夜才能等到救援。美国的“双子座8号”飞船与目标飞行器对接后因出现翻滚而紧急返回，降落点从原定的大西洋偏离到太平洋冲绳附近海域，创下偏离预定回收区最远的纪录。
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